วัดดอนขนาก เดิมเป็นที่ดอนมีต้นป่าขนากขึ้นอยู่เป็นจำนวนมาก ประชาชนที่อาศัยอยู่ได้เรียกชื่อตามการอนุรักษ์ของท้องถิ่นที่มีป่านั้นว่า ดอนขนาก ต่อมาได้จัดสร้างเป็นสำนักสงฆ์ เมื่อ พ.ศ. 2450 โดย นายไล้ อยู่สิริ บริจาคที่ดินเป็นที่สำนักสงฆ์ จำนวน 8 ไร่ และ นายหยก กิ่มเพชร บริจาคที่ดินเป็นที่สำนักสงฆ์ จำนวน 4 ไร่ 2 งาน 60 ตารางวา รวมที่ดินทั้งหมด 12 ไร่ 2 งาน 60 ตารางวา
ต่อมามี นายพุฒ นางอ่วม นายนาค และนายบุตร มีจิตศรัทธาสร้างกุฏิขึ้นรวม 2 หลัง เป็นแบบทรงไทยโบราณ จึงได้นิมนต์พระภิกษุวัดไผ่ล้อม จ.นครปฐม มาจำพรรษา รวม 5 รูป โดยมี พระอาจารย์จ๊ะ เป็นผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสรูปแรก ครั้นต่อมามีเหตุการณ์ผลัดเปลี่ยนผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสอีกหลายรูป จนถึง พ.ศ. 2499 พระอธิการศรีทอง อังสุทตฺโต เจ้าอาวาส ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์วัตถุเจริญรุ่งเรืองมาก
ยอพระกลิ่น หรือมณีพิชัย เป็นกลอนบทละครนอก เนื้อเรื่องคือ พระอินทร์พานางเกษณีที่เป็นมนุษย์ไปอยู่ด้วยที่เมืองสวรรค์ และได้ให้กำเนิดธิดาชื่อ ยอพระกลิ่น และได้นำไปใส่ไว้ที่ปล้องไม้ไผ่ในเมืองมนุษย์ จนยอพระกลิ่นเติบโตขึ้นก็ได้พบกับมณีพิชัยจึงได้แต่งานกัน แต่พระมารดามารดาไม่โปรดยอพระกลิ่น จึงหาวิธีต่างๆ นานา มาแกล้ง ครั้งหนึ่งเคยใส่ร้ายยอพระกลิ่นว่าเป็น ภูติผีปีศาจ มากินแมว สุดท้ายพระอินทร์ผู้เป็นพ่อจึงลงมาช่วยคลี่คลายปัญหา จนในที่สุดยอพระกลิ่นและมณีพิชัยจึงได้ครองรักกันอย่างมีความสุข
พระมาลัย ฉบับวัดดอนขนาก ตำบลดอนยายหอม อำเภอเมืองนครปฐม จังหวัดนครปฐม ถือว่าเป็นพระมาลัยฉบับท้องถิ่นหรือฉบับชาวบ้าน เขียนด้วยอักษรขอมไทยบนสมุดไทยขาว หน้าต้นจ านวน 89 หน้า หน้าปลาย 90 หน้า รวมทั้งหมด 179 หน้า ด้านในมีภาพวาดประกอบ สีสันสวยงาม อยู่บริเวณสองข้างของสมุดในแต่ละตอน พระมาลัยฉบับนี้ แต่งด้วยฉันทลักษณ์ที่เรียกว่า “กลอนสวด” ซึ่งประกอบไปด้วยกาพย์ชนิดต่างๆ 3 แบบ ได้แก่ กาพย์ยานี 11 กาพย์ฉบัง 16 และกาพย์สุรางคนางค์ 28 นอกจากนี้ยังพบชื่อทำนองสวดพระมาลัย 5 ทำนองได้แก่ ฉันท์ เชิด ราบ มังกร วสันต์ และเอกบท พระมาลัย เป็นเรื่องราวเกี่ยวกับพระมาลัยเถระ ท่านมีถิ่นกำเนิดอยู่ ณ หมู่บ้านกัมโพช เมืองลังกา พระมาลัยได้ฌานสมาบัติมีฤทธิสามารถเดินทางไปนรกและสวรรค์ได้ เมื่อครั้งที่ท่าเดินทางไปนรกเพื่อรับฟังคำบอกเล่าของสัตว์นรกและอสุรกายที่ถูกเหล่ายมบาลทรมานร่างกายด้วยวิธีการต่างๆ นานา มาบอกแก่ญาติพี่น้องของสัตว์นรกเหล่านั้นให้ละเว้นการทำบาป เร่งสร้างบุญกุศล จะได้ไม่ต้องมาชดใช้บาปกรรมในนรกแบบเดียวกับพวกเขา ขณะที่ท่านลงไปนรกนั้นท่านก็ได้โปรดสัตว์ให้เว้นจาการทรมานชั่วครู่หนึ่งที่ท่านได้เสด็จผ่านไป จากนั้นท่านก็นำความที่เปรต อสุรกายฝากสั่งมาบอกแก่ญาติโยมของเปรต อสุรกายเหล่านั้น ให้เร่งกระทำบุญ ลดเลิกการทำบาปทั้งปวง ต่อมาท่านไปออกบิณฑบาตพบกับชายหนุ่มผู้หนึ่ง นำเอาดอกบัวมาถวายจำนวนแปดดอก ท่านจึงนำดอกบัวนั้นไปถวายที่พระเกษแก้วจุฬามณีบนสวรรค์ เมื่อถึงสวรรค์ชั้นดาวดึงส์ก็ได้พบกับพระอินทร์และทราบข่าวว่า พระโพธิสัตว์ศรีอริยเมตไตรจะเสด็จมาไหว้พระเกษแก้วจุฬามณีพอดี ท่านจึงรออยู่เพื่อพบกับพระศรีอาริย์ และได้สนทนาธรรมกัน เมื่อเสร็จแล้วพระมาลัยจึงนาความที่ได้สนทนาบนสวรรค์เกี่ยวกับยุคของพระศรีอารย์มาเทศนาให้มนุษย์ได้ฟัง
บทกลอนคำสอนสำหรับสามเณรในการปฏิบัติตน และการปรนนิบัติพระผู้ใหญ่
ว่าด้วยเรื่อง ยามพระราม ตำราห่วง เทพจร นาคสมพงษ์ เป็นต้น
