ตามประวัติของวัดบางช้างใต้ได้กล่าวไว้ว่า สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2335 ในแผ่นดินรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช รัชกาลที่ 1 ต่อมาในปี พ.ศ. 2400 ทางวัดได้สร้างพระอุโบสถหลังที่ 2 ขึ้นมาใหม่แทนหลังแรกซึ่งถูกไฟไหม้ และได้มีการอัญเชิญพระพุทธรูปจากวัดเก่าแห่งหนึ่งในจังหวัดพระนครศรีอยุธยามาด้วยเรือพายม้า พระพุทธรูปองค์ดังกล่าวมีนามว่าหลวงพ่อเพชร ซึ่งเป็นพระพุทธรูปสมัยเชียงแสน ประทับนั่งอยู่ในปางสมาธิ ปัจจุบันประดิษฐานอยู่บนบุษบกภายในอุโบสถหลังที่ 3 ซึ่งสร้างขึ้นในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 7 หรืออุโบสถหลังปัจจุบัน

วัดบางช้างใต้เดิมชื่อ “วัดบางช้าง” พระเถระที่มีชื่อเสียงของวัดบางช้างใต้นี้ ได้แก่ พระครูวินัยธร (ใย กิตฺติธโร) อดีตเจ้าอาวาสรูปที่ 6 หลักฐานเหล่านี้ได้บันทึกไว้ในหนังสือทางประวัติศาสตร์ชื่อ วัฒนธรรมสามพราน วัดบางช้างใต้ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อวันที่ 27 มกราคม พ.ศ.2479 ปัจจุบันมีพระครูอรุณธรรมวิสุทธิ์ เป็นเจ้าอาวาส