“วัดหนัง” หรือ “วัดหนังราชวรวิหาร” ตามประวัติวัดนั้นสร้างเมื่อ พ.ศ.2260 หรือช่วงรัชสมัยพระเจ้าท้ายสระ สมัยก่อนแถววัดหนังอยู่เขตอำเภอบางขุนเทียน จังหวัดธนบุรี เมื่อรวมธนบุรีเข้ามาเป็นกรุงเทพฯ ฝั่งตะวันตก วัดหนังก็ย้ายเข้ามาอยู่ในเขตจอมทอง กรุงเทพมหานคร ยังปรากฏป้ายเก่าของวัดขณะที่ยังสังกัดจังหวัดธนบุรีอยู่ในพิพิธภัณฑ์ของวัด

วัดหนังเป็นวัดเก่าแก่ในย่านนี้ และมีวัดในแถบใกล้ๆ กันอีกหลายวัดจนมีเรื่องเล่าว่า วัดในแถบนี้มีวัดสามพี่น้องคือ วัดหนัง วัดนางนอน และวัดราชโอรสารามราชวรวิหาร และที่ใกล้กันนั้นก็มีวัดศาลาครึนด้วย วัดนางนองราชวรวิหารและวัดราชโอรสารามราชวรวิหารนั้นบูรณะในสมัยรัชกาลที่ 3 ซึ่งศิลปะที่ปรากฏอยู่ที่วัดนั้นส่วนใหญ่จะเป็นศิลปะแบบจีน ส่วนวัดหนังนี้พระราชมารดาของรัชกาลที่ 3 ทรงให้มีการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดหนังขึ้นใหม่ แต่ให้มีความเป็นไทยผสมอยู่มากกว่าวัดนางนองและวัดราชโอรสารามฯ แต่ก็ยังมีศิลปะแบบจีนปนอยู่บ้าง

พิพิธภัณฑ์เพื่อการศึกษา วัดหนังราชวรวิหาร จัดตั้งขึ้นเพื่อให้ผู้เข้าชมได้ศึกษาเรียนรู้ วิถีชีวิต และประวัติความเป็นมาของพื้นที่ย่านเขตจอมทอง คิดริเริ่มและลงมือจัดทำช่วง พ.ศ.2545 สมัยพระธรรมศีลาจารย์เป็นเจ้าอาวาส โดยมีพระครูสมุห์ไพฑูรย์ สุภาฑโร (ปัจจุบันลาสิกขาบทแล้ว) และบรรดาลูกศิษย์ในย่านวัดหนังช่วยกันก่อตั้งและจัดหาวัตถุจัดแสดง